出荷用の段ボール箱と木製パレットはEUDR対象か

いいえ。附属書Iは明示的に、純粋に別の製品の支持、保護、運搬に用いられる包装材料は対象外と規定しています。段ボール箱やパレット自体があなたが販売する商品である場合のみ適用されます。

詳細と税関コード一覧: https://patisco.com/ja/eu-check/eudr 税関コードでEU規制を確認: https://patisco.com/ja/eu-check